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Garlic

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Informazioni generali

Autore

Damir Zucic

Versione

2004

Pagina web del prodotto

http://www.zucic.org/garlic/index.html

Licenza

GPL 

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Caratteristiche didattiche

Descrizione

Software per la visualizzazione di macromolecole

Materie

Chimica, Medicina  

Argomento

Biochimica  

Scuole

Università

Strategia didattica

Ambiente aperto

Lingua

Inglese

Prerequisiti

Conoscenze di biologia molecolare 

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Sommario

Garlic è un software per la visualizzazione molecolare, che consente di rappresentare in 3D grandi molecole organiche, di ruotarle nello spazio, di ingrandirle o ridurle secondo il proprio interesse. Gli atomi appaiono come sfere e i legami di valenza come cilindri o coni allungati o, anche, come superfici curve. Sono disponibili cinque tipi di piani di sezione: planare, sferico, semisferico, cilindrico e semicilindrico. La posizione e lo spessore della sezione sono visibili in un'apposita piccola finestra. Con Garlic è possibile visualizzare anche altri oggetti come ad esempio la membrana cellulare. Oltre agli elementi chimici standard, Garlic consente di usare di due elementi immaginari, lo "jellium" (J) e il "quarkonium" (q). Questi elementi possono essere usati per disegnare alcuni oggetti speciali. Jellium non forma mai alcun legame, mentre il quarkonium può assumere valenza 0,1, o al massimo 2. Tutte le informazioni atomiche sono disponibili al solo passaggio del mouse sull'immagine. Garlic è in grado di trattare contemporaneamente più strutture molecolari. Le strutture si possono colorare secondo particolari proprietà ad esempio il loro grado di idrofobicità. Il software è in grado anche di rappresentare il diagramma di Ramachandran, la ruota elicoidale, lo schema di Venn, etc. I comandi devono essere scritti in un'apposita riga, posta in fondo alla finestra principale, in cui vengono visualizzati anche gli eventuali messaggi d'errore. Scaricabile dalla rete al seguente indirizzo: http://www.zucic.org/garlic/docs.html 

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Immagini

Immagine di esempio di Garlic
Immagine di esempio di Garlic

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Approfondimenti

Esperienze d'uso tratte da Essediquadro

Nessuna esperienza d'uso disponibile. 

Risorse informative online

Documentazione online in inglese: http://www.zucic.org/garlic/docs.html
Tutorial online in inglese: http://www.zucic.org/garlic/docs.html  

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Focus accessibilità

Conformità alla Legge n. 4/2004 (Allegato D del DM Luglio 2005)

Dalla valutazione effettuata risulta che il software è conforme alla Legge per 6 requisiti su 11. In particolare sono stati rispettati i requisiti: 1, 4, 6, 9, 10, 11; non sono stati rispettati i requisiti: 2, 3, 5, 7, 8.

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Accessibilità per i vari tipi di disabilità

Completa per disabilità motoria, disabilità uditiva
Nulla per ipovisione, cecità