Modalità di presentazione
Il programma è sostanzialmente un ambiente di Editor con cui si costruiscono rappresentazioni della struttura atomica di molecole, anche complesse; si possono utilizzare per il disegno sia alcune forme base e template già pronti, sia tracciare linee e forme liberamente.

Modalità di input
Si usa e si gestisce interamente con il mouse, ma molti comandi e menu sono attivabili anche tramite scorciatoie da tastiera.

Personalizzazione di grafica ed interfaccia
L'interfaccia è personalizzabile per alcuni aspetti da sistema operativo (caratteri menu, stile finestre e mouse) e in parte dalle opzioni del software. Si può scegliere il colore di sfondo dell'area di lavoro.  Si possono facilmente dimensionare gli elementi grafici e i testi che l'utente deve manipolare per costruire le molecole, si può variare lo “zoom” per la visione degli oggetti sul foglio di lavoro e definire liberamente la dimensione dei testi da inserire nelle figure.
Opzioni modificabili da:
Menu File -->Setup defaults -->background color;
Menu view -->Zoom in/out.

Tecnologie assistive
E' compatibile con l’ingranditore, che non è indispensabile e in molti casi può risultare superfluo in quanto il software offre già elementi di personalizzazione e ingrandimento.