Garlic

Garlic è un software per la visualizzazione molecolare, che consente di rappresentare in 3D grandi molecole organiche, di ruotarle nello spazio, di ingrandirle o ridurle secondo il proprio interesse. Gli atomi appaiono come sfere e i legami di valenza come cilindri o coni allungati o, anche, come superfici curve. Sono disponibili cinque tipi di piani di sezione: planare, sferico, semisferico, cilindrico e semicilindrico. La posizione e lo spessore della sezione sono visibili in un'apposita piccola finestra. Con Garlic è possibile visualizzare anche altri oggetti come ad esempio la membrana cellulare. Oltre agli elementi chimici standard, Garlic consente di usare di due elementi immaginari, lo "jellium" (J) e il "quarkonium" (q). Questi elementi possono essere usati per disegnare alcuni oggetti speciali. Jellium non forma mai alcun legame, mentre il quarkonium può assumere valenza 0,1, o al massimo 2. Tutte le informazioni atomiche sono disponibili al solo passaggio del mouse sull'immagine. Garlic è in grado di trattare contemporaneamente più strutture molecolari. Le strutture si possono colorare secondo particolari proprietà ad esempio il loro grado di idrofobicità. Il software è in grado anche di rappresentare il diagramma di Ramachandran, la ruota elicoidale, lo schema di Venn, etc. I comandi devono essere scritti in un'apposita riga, posta in fondo alla finestra principale, in cui vengono visualizzati anche gli eventuali messaggi d'errore. Scaricabile dalla rete al seguente indirizzo: http://www.zucic.org/garlic/docs.html