JMol è un programma multipiattaforma per la realizzazione e la visualizzazione di molecole organiche in 3D. Lo studente che ne fa uso può avere una ricostruzione fedele e realistica delle molecole studiate ed effettuare misurazioni sulle stesse. La molecola mostrata sullo schermo può infatti essere traslata e ruotata in ogni direzione, ingrandita o ridotta (tramite un apposito zoom), inoltre può essere visualizzata con vari dettagli grafici. Si possono colorare gli atomi in maniera diversa a seconda della carica posseduta, visualizzare il simbolo o il numero di elettroni o il tipo. Si possono inoltre effettuare misurazioni su angoli e distanze tra gli atomi che compongono la molecola nelle tre dimensioni.
Il programma supporta anche la possibilità di visualizzare una animazione della molecola, per visionare l'andamento dovuto ad eventuali vibrazioni causate da particolari legami tra gli atomi che la compongono.
La costruzione delle molecole si effettua tramite file testuali nei quali vanno specificati gli atomi ed i legami, la distanza interatomica (in Armstrong) e tutte le informazioni necessarie per costruirle.
Consente di visionare le molecole disegnate con programmi come JchemPaint.
Scaricabile dalla rete al seguente indirizzo:
http://jmol.sourceforge.net/
