| Garlic |  |
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| Autore | ||
| Damir Zucic | ||
| Editore | ||
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| Modalità di distribuzione | ||
| Scaricabile da rete | http://garlic.mefos.hr/garlic-1.3 | |
| Versione | Licenza | |
| 2004 | GPL | |
| Materiali disponibili | ||
| Note | ||
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Documentazione online in inglese: http://garlic.mefos.hr/garlic/docs.html Tutorial online in inglese: http://garlic.mefos.hr/garlic/tutorial/index.html |
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La banca dati di So.Di.Linux è distribuita secondo Creative Commons Attribution-NoDerivs 2.5 License.
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| Descrizione | ||
| Software per la visualizzazione di macromolecole | ||
| Materia | Argomento | Scuola |
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Chimica Medicina |
Biochimica |
Università |
| Strategia didattica | ||
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Ambiente aperto |
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| Lingua | ||
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Inglese |
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| Prerequisiti | ||
| Conoscenze di biologia molecolare | ||
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| Sommario |
| Garlic è un software per la visualizzazione molecolare, che consente di rappresentare in 3D grandi molecole organiche, di ruotarle nello spazio, di ingrandirle o ridurle secondo il proprio interesse. Gli atomi appaiono come sfere e i legami di valenza come cilindri o coni allungati o, anche, come superfici curve. Sono disponibili cinque tipi di piani di sezione: planare, sferico, semisferico, cilindrico e semicilindrico. La posizione e lo spessore della sezione sono visibili in un'apposita piccola finestra. Con Garlic è possibile visualizzare anche altri oggetti come ad esempio la membrana cellulare. Oltre agli elementi chimici standard, Garlic consente di usare di due elementi immaginari, lo "jellium" (J) e il "quarkonium" (q). Questi elementi possono essere usati per disegnare alcuni oggetti speciali. Jellium non forma mai alcun legame, mentre il quarkonium può assumere valenza 0,1, o al massimo 2. Tutte le informazioni atomiche sono disponibili al solo passaggio del mouse sull'immagine. Garlic è in grado di trattare contemporaneamente più strutture molecolari. Le strutture si possono colorare secondo particolari proprietà ad esempio il loro grado di idrofobicità. Il software è in grado anche di rappresentare il diagramma di Ramachandran, la ruota elicoidale, lo schema di Venn, etc. I comandi devono essere scritti in un'apposita riga, posta in fondo alla finestra principale, in cui vengono visualizzati anche gli eventuali messaggi d'errore. Scaricabile dalla rete al seguente indirizzo: http://garlic.mefos.hr/garlic-1.3 |
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Distribuzioni possibili |
Distribuzione provata |
Desktop Grafico |
Formato pacchetto |
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Qualunque
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Knoppix 4.0.2 Sodilinux DVD |
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| Librerie necessarie |
| Informazioni installazione |
| Come root digitare il comando: apt-get install garlic |
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| Immagini | |
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